Osnovna pomanjkljivost prezračevanja z uporabo enocevnih lokalnih rekuperatorjev je razmeroma velika šumnost pri sorazmerno majhnem pretoku. Sodobni, dobro izolirani objekti so tudi zvočno precej dobro izolirani od okolice. To pomeni, da omogočajo doseganje absolutne tišine (vsaj za človeško uho), s čimer so na preizkušnji vsi sistemi objekta, ki potencialno oddajajo šumnost. Ker si v spalnih prostorih želimo čim bolj ohranjati tišino, je razumljivo, da je moteče vse kar povzroča hrup. Zaradi kompaktnosti zgradbe enocevnega lokalnega rekuperatorja, žal ni prostora za uporabo učinkovitih dušilcev zvoka med ventilatorjem in osebo v prostoru. Edini način za znižanje šumnosti je tako zmanjšanje vrtljajev ventilatorja, s čimer pa zmanjšamo tudi pretok. Žal je za spalnice zmanjševanje pretoka na minimum ali celo izklop sistema utečena praksa pri uporabnikih lokalnih rekuperatorjev.

Enocevni lokalni rekuperatorji uporabljajo pretoke med 35 in 50 m³/h, kar pa predstavlja skupni pretok zraka. Ker se smer toka zraka v režimu rekuperacije vsakih 60 – 70 s obrne, je svežega zraka v maksimalni obratovalni moči le polovico skupnega pretoka (20 – 25 m³/h). Količina svežega zraka je tako manjša kot jo Pravilnik o prezračevanju in klimatizaciji (obvezen predvsem za poslovne objekte) predvideva za 1 osebo znotraj prostora. Če bi se Pravilniku želeli vsaj približati, bi potrebovali toliko lokalnih rekuperatorjev kolikor je oseb znotraj posameznega prostora (spalnica za 2 osebi = 2 lokalna rekuperatorja, otroška soba za 1 osebo = 1 lokalni rekuperator, dnevna soba = 3 – 4 lokalne rekuperatorje …). Splošno uveljavljeno je, da se uporablja 1 lokalni rekuperator na prostor. Tako je sistem precej poddimenzioniran in če temu dodamo še hrupnost, zaradi katere dodatno zmanjšujemo pretok, ni čudno da meritve kažejo zelo slabe rezultate kakovosti zraka ob uporabi lokalnih enocevnih rekuperatorjev.

Zaradi uporabe aksialnih ventilatorjev se pri enocevnih lokalnih rekuperatorjih ne moremo pogovarjati o filtraciji finih prašnih delcev, kot to poznamo pri centralnih prezračevalnih sistemih. Ko govorimo o filtraciji pri lokalnih rekuperatorjih, ki skozi isto odprtino vršijo nekaj časa dovod in nekaj časa odvod, ne moremo mimo dejstva, da filter nekaj časa nabira prašne delce iz prostora, ki pa jih v drugem delu cikla (po 60 – 70 s) odpihne nazaj v prostor.

Če lokalno rekuperacijo primerjamo s podtlačnim prezračevanjem ali centralnim prezračevalnim sistemom, je razlika tudi v usmerjenem gibanju zraka, ki pri prej omenjenih sistemih obstaja, pri lokalni rekuperaciji pa tega ni. Vsak prostor deluje kot celica zase in smiselne zračne povezave med prostori ni. Če se vonjave nekje pojavijo, po navadi traja precej časa, da se te odstranijo iz prostora, saj jih cikli dovoda in odvoda dalj čas premeščajo v eno ali drugo stran, predno se le toliko razredčijo z dovodnim zrakom, da ne predstavljajo več problema.

Očitna omejitev lokalnih rekuperatorjev je tudi možnost montaže le v zunanjo steno, praviloma na višino vsaj 2 m nad zunanjim nivojem tal. Prostore ujete v tloris (brez zunanje stene) ali kletne prostore sploh ne moremo prezračevati z enocevnim lokalnim rekuperatorjem. Tudi umestitev lokalnega rekuperatorja v daljšo cev (če bi npr. želeli premostiti en prostor, da bi prišli do zunanje stene) ne pride v poštev, saj bi zaradi izmeničnega pretoka zraka večino časa le pretakali zrak po cevi v eno in nato v drugo smer. Količina svežega zraka bi se tako dodatno zmanjšala, pri daljših cevnih povezavah pa do svežega zraka sploh nebi prišli.

Motnje v delovanju aksialnega ventilatorja niso taka redkost, saj tak ventilator tlačno ni prav zmogljiv, kar pomeni, da ga zmoti že velika temperaturna razlika med notranjostjo objekta in njegovo zunanjostjo, ki povzroča, da se ventilator veliko lažje vrti v eno kot v drugo smer. Posledica je neenakomeren pretok in padec izkoristka vračanja toplote. Situacija se lahko dodatno zaplete, če je zunaj vetrovno, saj lahko zrak za kratek čas prehaja v prostor celo v ciklu odvoda.

Za prezračevalni sistem z dvosmernim delovanjem je v naših klimatskih razmerah lahko problem tudi zmrzal kondenzata v toplotnem izmenjevalcu. Po navedbah proizvajalcev do tega naj nebi prihajalo, žal pa se realni obratovalni pogoji precej razlikujejo od laboratorijskih testnih pogojev in do tega vseeno lahko pride. Običajno se to zgodi, če je lokalni rekuperator nameščen v nadpovprečno vlažen prostor, zunaj imamo zimske razmere s temperaturami pod 0 °C, rekuperator pa je predhodno nekaj časa obratoval v režimu izenačevanja podtlaka, ki ga je ustvarjal odvodni ventilator.

Kadar govorimo o energijsko učinkovitih in pasivnih objektih, ki jih v zaključni fazi gradnje celo testiramo s testom zrakotesnosti, pa ob vgradnji enocevnih lokalnih rekuperatorjev naletimo na razmeroma veliko protislovje. Med tem, ko smo se z gradnjo objekta potrudili za njegovo zrakotesnost, bomo v fazi vgradnje lokalnih rekuperatorjev objekt spet povsem naluknjali. Zaradi uporabe reverzibilnih aksialnih ventilatorjev objekt nikoli več ne more izražati prvotno izmerjene zrakotesnosti, razen če odprtine ponovno zapremo. Če v tej točki pogledamo še na vse ostale pomanjkljivosti je očitno, da sistem enocevnih lokalnih rekuperatorjev nikakor ni primeren za kvaliteten nizkoenergijski ali pasiven objekt.

Kadar bi bilo v objekt potrebno vgraditi več kot 10 enocevnih lokalnih rekuperatorjev, je cenovno pogosto bolj smiselna izbira centralni prezračevalni sistem. Tako število lokalnih rekuperatorjev ni nobena redkost, še posebej, če se želimo približati smernicam, ki jih navaja Pravilnik o prezračevanju in klimatizaciji.